Tujuan pelaksanaan kegiatan pengembangan Pusat Unggulan Iptek adalah untuk meningkatkan kapasitas dan kapabilitas kelembagaan, sumber daya dan jaringan iptek dari lembaga litbang dalam bidang prioritas spesifik agar terjadi peningkatan relevansi dan produktivitas serta pendayagunaan iptek dalam sektor produksi untuk menumbuhkan perekonomian nasional yang pada gilirannya dapat berdampak pada peningkatan kesejahteraan masyarakat.

Dalam masa pembinaannya, Pusat Unggulan Iptek akan mengembangkan 3 (tiga) kapasitas kelembagaan yang mencakup kapasitas lembaga mengakses informasi (Sourcing Capacity), kapasitas riset (Research and Development Capacity), dan kapasitas diseminasi (Disseminating capacity).